Das Erzbistum San Juan de Cuyo wurde 1826 durch PapstLeo XII. aus Gebietsabtretungen des Bistums Córdoba als Apostolisches Vikariat San Juan de Cuyo errichtet. Am 19. September 1834 wurde das Apostolische Vikariat San Juan de Cuyo durch Papst Gregor XVI. mit der Päpstlichen BulleIneffabili Dei Providentia zum Bistum erhoben. Am 20. April 1934 gab das Bistum San Juan de Cuyo Teile seines Territoriums zur Gründung der Bistümer Mendoza und San Luis ab.
Am 20. April 1934 wurde das Bistum San Juan de Cuyo durch Papst Pius XI. mit der Päpstlichen Bulle Nobilis Argentinae Nationis zum Erzbistum erhoben.