Goldschmidt war der Sohn von Salomon Goldschmidt, der von 1890 bis 1925 als Rabbiner in Königshütte wirkte. Ernst Daniel Goldschmidt besuchte das Gymnasium in Königshütte und studierte anschließend Klassische und Semitische Philologie in Breslau und Berlin. 1925 legte er das Staatsexamen ab und wurde promoviert. Von 1916 bis 1918 war er als Soldat im Ersten Weltkrieg. 1926 wurde er Volontär an der Staatsbibliothek zu Berlin, 1928 legte er die bibliothekarische Fachprüfung ab. In der Staatsbibliothek war er fortan Mitarbeiter am Gesamtkatalog der Wiegendrucke. 1935 wurde er aufgrund des nationalsozialistischen „Gesetzes zur Wiederherstellung des Berufsbeamtentums“ zwangspensioniert. 1936 emigrierte er nach Palästina und fand eine Anstellung an der Jerusalem Jewish National and University Library.
Alexandra Habermann u. a.: Lexikon deutscher wissenschaftlicher Bibliothekare 1925–1980. Klostermann, Frankfurt a. M. 1985, ISBN 3-465-01664-5, S. 97.
Ueber Dr. Ernst Daniel Goldschmidt und die Beschreibung hebraeischer Inkunabeln fuer den GW. In: Bibliothek und Wissenschaft, Bd. 29 (1997), S. 157–162.