Hagendorn studierte an den Universitäten in Leipzig und Jena Medizin. 1667 wurde er in Jena promoviert. Anschließend wirkte er als Arzt in Görlitz. Einige Jahre später wurde er Leibarzt des Kurfürsten von Sachsen.
Willi Ule: Geschichte der Kaiserlichen Leopoldinisch-Carolinischen Deutschen Akademie der Naturforscher während der Jahre 1852–1887. Mit einem Rückblick auf die frühere Zeit ihres Bestehens. In Commission bei Wilh. Engelmann in Leipzig, Halle 1889, Nachträge und Ergänzungen zur Geschichte Neigebaur’s, S.148 (archive.org).