Als Sohn eines Offiziers, Gottfried von Mülinen, und Margarete geb. von Graffenried studierte er ganz in der Tradition des Geschlechtes der von Mülinen in Berlin und Leipzig und schrieb als Privatgelehrter vor allem zur Kirchengeschichte der Schweiz, des Juras und des Emmentals. Unermüdliche Forscherarbeit in Archiven und insbesondere in der von seinem Urgrossvater, dem Berner Schultheissen Albrecht von Mülinen, begründeten berühmten Privatbibliothek ermöglichten ihm unter anderem das Verfassen der zwei ersten Bände der ursprünglichen Helvetia Sacra zu den Kirchenvorstehern und -vorsteherinnen.
Band 1 mit 242 Seiten erschien 1858 und behandelt die Dom- und Chorherrenstifte sowie die alten Abteien.
Band 2 mit 256 Seiten erschien 1861 und beschreibt die späteren Mönchsorden, sowohl die im 13. Jahrhundert entstandenen Orden der Bettelmönche (Dominikaner, Franziskaner, Augustiner, Karmeliter) als auch die kirchlichen Korporationen und Kongregationen, die sich in den katholisch gebliebenen Ländern der Christenheit seit dem 16. Jahrhundert und bis in die neueren Zeiten sich entwickelten (Kapuziner, Jesuiten, Trappisten, Ligorianer, Redemptoristen usw.).[2]
Rauracia sacra ou Dictionnaire Historique Du Clerge Catholique Jurassien, 1864, ISBN 978-1167483523
Prodromus einer schweizerischen Historiographie in alphabetischer Reihenfolge die Historiker aller Cantone und aller Jahrhunderte umfassend, Buchhandlung von Huber und Company (H. Koerber), 1874, 240 Seiten
Beiträge zur Heimathkunde des Kantons Bern, 1879
Literatur und Quellen
Rudolf Emanuel Berthold von Mülinen-Gurowski: Familien-Geschichte und Genealogie der Grafen v. Mülinen, Berlin 1844. online, Digitalisat
Archiv für Schweizerische Geschichte, 1889, 342 f., (mit Werkverzeichnis)
