Johnsons Karriere startete 2008 mit einer Episode der bissig-sarkastischen Adult-Swim-Animationsserie Moral Orel. 2010 schloss er sich dem Team von Starburns Industries an und drehte einige Episoden von Mary Shelley’s Frankenhole. 2010 führte Johnson in einer animierten Spezialfolge von Dan Harmons Comedyserie Community Regie. Die Folge wurde 2011 mit einem Creative Arts Emmy in der Kategorie Individual Achievement in Animation bedacht. Im selben Jahr drehte Johnson ein kurzes animiertes Segment einer weiteren Community-Folge. Zusammen mit Charlie Kaufman drehte er den Film Anomalisa (2015) für den die beiden 2016 eine Oscar-Nominierung erhielten.[3] Er war außerdem insgesamt vier Mal für einen Annie Award nominiert.