Das Langhaus der Saalkirche wurde in der zweiten Hälfte des 13. Jahrhunderts aus Feldsteinen erbaut. Im Dreißigjährigen Krieg wurde die Kirche zerstört und das Dorf verlassen; erst ab 1699 kam es zur Wiederansiedlung, unter anderem durch Hugenotten. Diese bauten 1792/93 die Kirche mit eigenen Mitteln wieder auf. Dabei wurde in ihr Satteldach im Westen ein Dachturm mit gemalten Lisenen an den Ecken und einer Haube eingefügt.
Die Kirchengemeinde Beenz war lange Zeit selbständig, teilte sich die Pfarrstelle aber mit anderen Gemeinden. 2013 wurde sie Teil der Evangelisch-reformierten Kirchengemeinde Lindenhagen, damals noch im Reformierten Kirchenkreis.[1] Diese wurde 2019 mit anderen Gemeinden zur Kirchengemeinde Potzlow-Lindenhagen vereinigt.[2]