Yamamoto wuchs in New York City auf und studierte an der Columbia University Chinesisch, Japanisch, Arabisch und Französisch. Anschließend machte er einen Master-Abschluss in Internationalen Angelegenheiten. 1980 trat er in den Auswärtigen Dienst ein. 1996 absolvierte er eine Fortbildung am National War College.
Yamamoto war der erste Regierungsbeamte, der die Vorwürfe des Tschad gegen den Sudan stützte, als er sagte: „It is evident that there was safe haven and logistical support provided to rebel groups.“ (AFP-Meldung 2006[3]) Für seine Beiträge zur Konfliktlösung in Afrika erhielt er den Robert-Frasure-Gedenkpreis 2006.
Vom 30. März 2013 bis 5. August 2013 ehemaliger stellvertretender Staatssekretär für afrikanische Angelegenheiten, des Weiteren war er von 2014 bis 2015 in leitenden Positionen in Kabul, Mazar e-Scharif und Bagram.[4] Daraufhin war Yamamoto von 2015 bis 2016 als leitender Berater des Generaldirektors des Auswärtigen Amtes für die Personalreform tätig; Außerdem war er in diesem Zeitraum bei Mission Somalia in Mogadischu tätig.
Zwischen dem 3. September 2017 und dem 23. Juli 2018 war Yamamoto außerdem der amtierende stellvertretende Staatssekretär für afrikanische Angelegenheiten.[4]