Die DDR-Nachwuchsoberliga 1978/79 war die 3. Auflage dieser Liga im DDR-Fußball. Spielberechtigt waren die Nachwuchsmannschaften jener Vereine, die in der betreffenden Saison in der Oberliga, der höchsten Spielklasse der DDR, vertreten waren. Da in der Oberliga-Saison 1978/79 die 1. Herrenmannschaften der BSG Chemie Böhlen und des F.C. Hansa Rostock abgestiegen waren, galten somit – ungeachtet des sportlich erreichten Ergebnisses – auch die Nachwuchsmannschaften beider Vereine in der Nachwuchsoberliga als Absteiger. Die Saison begann am 19. August 1978 und endete am 9. Juni 1979.