Prinz Christian erkrankte an einer Blinddarmentzündung (Appendizitis), die nicht erkannt und behandelt wurde. An der hierdurch hervorgerufenen Bauchfellentzündung (Peritonitis) starb er im Alter von 16 Jahren.[4] Er wurde im Mausoleum von Schloss Cumberland in Gmunden beigesetzt.
Aus dem Vermögen des verstorbenen Prinzen Christian vermachte seine Tante, Prinzessin Mary (1849–1904), Tochter von König Georg V. von Hannover, der Hermannsburger Missionsanstalt eine Stiftung in Höhe von 20.000 Mark, zweckgebunden für den Neubau einer Knabenschule in Hermannsburg. Am 24. April 1903 wurde der Grundstein für die heutige Christianschule gelegt. Am 14. April 1904 wurde die Christianschule, mit zunächst 94 Schülern, in der Trägerschaft der Missionsanstalt (heute Evangelisch-lutherisches Missionswerk in Niedersachsen (ELM)) eingeweiht.