Scognamiglio verließ im Februar 1998 Forza Italia und trat der vom ehemaligen Staatspräsidenten Francesco Cossiga gegründeten Mitte-Partei Unione Democratica per la Repubblica (UDR) bei. Am 21. Oktober 1998 wurde er von MinisterpräsidentMassimo D’Alema zum Verteidigungsminister ernannt und nahm dieses Amt bis zum Ende von D’Alemas erster Amtszeit am 22. Dezember 1999 wahr. Nach dem Auseinanderbrechen der UDR im Februar 1999 gehörte Scognamiglio der Fraktion Rinnovamento Italiano an, ab November 1999 der „gemischten Gruppe“ fraktionsloser Senatoren.
Nach seinem Ausscheiden aus dem Senat nahm er 2001 seine Tätigkeit als Ordentlicher Professor für Angewandte Industriewirtschaft an der LUISS wieder auf. Parallel dazu blieb er aber auch politisch aktiv. So gründete er 2003 zusammen mit dem Patto Segni von Mariotto Segni die Partei Patto – Partito dei Liberaldemocratici (auch „Patto Segni-Scognamiglio“ genannt), der er bis 2006 als Presidente vorstand. Die Partei trat zur Europawahl 2004 an, erhielt aber nur 0,5 % und damit keinen Sitz.
Veröffentlichungen
Während seiner Lehrtätigkeit war er darüber hinaus auch Verfasser mehrerer wirtschaftswissenschaftlicher Fachbücher und politischer Bücher:
Mercato dei Capitali e Borse Valori. Mailand 1974.
Crisi e Risanamento dell’Industria Italiana. Mailand 1979.
Rapporto sulle Partecipazioni Statali. Mailand 1980.
Teoria e Politica della Finanza Industriale. Bologna 1987.
Rapporto al Ministro del Tesoro della commissione per il riassetto del patrimonio mobiliare pubblico e per le privatizzazioni. Rom 1990.