Bundeskassen nehmen die Aufgaben der Zahlung und Buchführung nach der Bundeshaushaltsordnung (BHO) wahr und dienen der Rechnungslegung des Bundes. Außerdem sind sie für die Verrechnung von Bundesmitteln mit anderen Behörden (Finanzämter der Länder bei Bundessteuern) zuständig.
Zum 1. Januar 2012 wurden aus den vier Bundeskassen zwei Bundeskassen, zwei Bundeskassen (Weiden i.d.OPf. und Kiel) wurden aufgelöst und den Bundeskassen Halle (Saale) bzw. Trier als weitere Dienstsitze angegliedert.
Zum 1. Oktober 2019 wurden im Zuge einer erneuten Neuorganisation aus den zwei Bundeskassen mit jeweils zwei Dienstorten wieder vier eigenständige Dienstorte Halle (Saale), Weiden i.d.OPf., Trier und Kiel, welche in einer neuen Abteilung in der Generalzolldirektion zusammengefasst wurden.