Das Bistum wurde am 12. Dezember 1754 durch PapstBenedikt XIV. mit der Apostolischen KonstitutionRomanus Pontifex aus Gebietsabtretungen des Erzbistums Burgos errichtet und diesem als Suffraganbistum unterstellt. Am 8. Dezember 1861 gab das Bistum Santander Teile seines Territoriums zur Gründung des Bistums Vitoria ab. Eine weitere Gebietsabtretung erfolgte am 2. November 1949 zur Gründung des Bistums Bilbao. Am 27. Oktober 1954 wurde das Bistum Santander dem Erzbistum Oviedo als Suffraganbistum unterstellt.