Das Bistum Hamilton wurde am 29. Februar 1856 durch PapstPius IX. aus Gebietsabtretungen des Bistums Toronto errichtet. Das Bistum Hamilton gab am 22. November 1958 Teile seines Territoriums zur Gründung des Bistums Saint Catharines ab.
Das Bistum Hamilton ist dem Erzbistum Toronto als Suffraganbistum unterstellt.