Im Jahr 2003 wurde Neuendorf Sprecher des SPD-Parteivorstands in Berlin. Danach folgte im Jahr 2004 die Funktion des Pressesprechers des SPD-Landesverbandes NRW. Von 2007 bis Oktober 2012[2] war er Landesgeschäftsführer der SPD in Nordrhein-Westfalen. Von Oktober 2012 bis zum Regierungswechsel im Juni 2017[3] war er als Nachfolger von Klaus Schäfer[4] Staatssekretär im Ministerium für Familie, Kinder, Jugend, Kultur und Sport des Landes.
Am 29. Juni 2019 wurde er auf dem Verbandstag des Fußball-Verbandes Mittelrhein einstimmig zum Präsidenten gewählt.[5] Er folgte damit auf Alfred Vianden. Neuendorf war von 2019 bis 2022 Mitglied des DFB-Vorstands und Vizepräsident des Westdeutschen Fußball-Verbandes. Im Amt des Präsidenten des Fußball-Verbandes Mittelrhein folgte ihm Christos Katzidis nach.
Am 11. März 2022 kandidierte Neuendorf für das Präsidentenamt des Deutschen Fußball-Bundes beim DFB-Bundestag. Dabei setzte er sich gegen Peter Peters durch, der nach dem Rücktritt Fritz Kellers eine Interims-Doppelspitze mit Rainer Koch gebildet hatte.[6]
↑NRWSPD beruft neuen Landesgeschäftsführer. (PDF) In: vorwärtsEXTRA, Ausgabe 6/2013. NRW SPD, S. 4, abgerufen am 7. September 2015: „Jürgen Angenendt ist neuer Landesgeschäftsführer der Nordrhein-Westfälischen SPD. Er folgt auf Bernd Neuendorf, der die Aufgabe bis Oktober 2012 innehatte.“