Marcos Filho war zunächst als Pfarradministrator der PfarreiNossa Senhora do Vale in Araraquara und als regionaler Koordinator für die Pastoral tätig, bevor er 2001 Pfarrer der Pfarrei Divino Espírito Santo in Dois Córregos wurde. Danach wirkte er als Pfarrer der Pfarreien São João Batista in Bocaina (2005–2009), Nossa Senhora Aparecida in Barra Bonita (2009) und Sant’Ana in Araraquara (2009–2017). 2017 wurde Marcos Filho Pfarrer der Pfarrei São Sebastião do Patrimônio da Serra und Pfarrvikar der Pfarrei Nossa Senhora das Dores in Brotas sowie Regens des propädeutischen Seminars des Bistums São Carlos. Daneben erwarb er 2018 am Instituto de Ciências Sociais e Humanas ein Lizenziat im Fach Philosophie. Ab 2018 war Marcos Filho Regens des Priesterseminars in São Carlos. Zudem war er als Pfarrvikar der Pfarreien São Nicolau de Flüe (2018–2019) und Nossa Senhora Aparecida (2020) sowie als Pfarrer der Pfarrei São João Batista in São Carlos tätig. Außerdem gehörte er ab 2017 dem Priesterrat, dem Konsultorenkollegium und dem Rat der Ausbilder an sowie ab 2019 der diözesanen Kinderschutzkommission des Bistums São Carlos. Darüber hinaus absolvierte Marcos Filho 2021 am Centro Universitário Claretiano einen Kurs im Fach Bibelwissenschaft.[1]