Von 1995 bis 2005 engagierte sich Keller ehrenamtlich in den Landesverbänden Hessen und Berlin der GEW sowie in deren Bundesfachgruppenausschuss Hochschule und Forschung. Zuvor war er als Studierendenvertreter an der Philipps-Universität Marburg Mitglied im Konvent, Senat, Fachbereichsrat und weiteren Hochschulgremien sowie 1991/92 als stellvertretender Vorsitzender des Allgemeinen Studentenausschusses (AStA). In derselben Zeit war er wiederholt Mitglied des erweiterten Bundesvorstands des Bunds demokratischer Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler.
Andreas Keller (Hrsg.) mit Lisa Brockerhoff: Lust oder Frust? Qualität von Lehre und Studium auf dem Prüfstand. Bielefeld 2019 (GEW-Materialien aus Hochschule und Forschung, Bd. 126) (Veröffentlichung frei abrufbar).
Andreas Keller (Hrsg.) mit Sonja Staack und Anna Tschaut: Von Pakt zu Pakt? Perspektiven der Hochschul- und Wissenschaftsfinanzierung. Bielefeld 2017 (GEW-Materialien aus Hochschule und Forschung, Bd. 123) (Veröffentlichung frei abrufbar).
Andreas Keller (Hrsg.) mit Isabel Carqueville und Sonja Staack: Aufstieg oder Ausstieg? Wissenschaft zwischen Promotion und Doktorhut. Bielefeld 2014 (GEW-Materialien aus Hochschule und Forschung, Bd. 122).
Andreas Keller (Hrsg.) mit Doreen Pöschl und Anna Schütz: Baustelle Hochschule? Attraktive Karrierewege und Beschäftigungsbedingungen gestalten. Bielefeld 2013 (GEW-Materialien aus Hochschule und Forschung, Bd. 120) (Veröffentlichung frei abrufbar).
Andreas Keller (Hrsg.) mit Ulf Banscherus und Klemens Himpele: Gut – besser – exzellent? Qualität von Forschung, Lehre und Studium entwickeln. Bielefeld 2012 (GEW-Materialien aus Hochschule und Forschung, Bd. 118) (Veröffentlichung frei abrufbar).
Andreas Keller (Hrsg.) mit Klemens Himpele und Alexandra Ortmann: Traumjob Wissenschaft? Karrierewege in Hochschule und Forschung. Bielefeld 2011 (GEW-Materialien aus Hochschule und Forschung, Bd. 117) (Veröffentlichung frei abrufbar).
Andreas Keller (Hrsg.) mit Klemens Himpele und Sonja Staack: Endstation Bologna? Zehn Jahre Europäischer Hochschulraum. Bielefeld 2010 (GEW Materialien aus Hochschule und Forschung, Bd. 116) (Veröffentlicht frei abrufbar).
Andreas Keller (Hrsg.) mit Sonja Staack: Innovation durch Partizipation. Steuerung von Hochschulen und Forschungseinrichtungen im 21. Jahrhundert. Bielefeld 2009 (GEW-Materialien aus Hochschule und Forschung, Bd. 115) (Veröffentlichung frei abrufbar).
Andreas Keller (Hrsg.) mit Roland Bloch, André Lottmann und Carsten Würmann: Making Excellence. Grundlagen, Praxis und Konsequenzen der Exzellenzinitiative. Bielefeld 2008 (GEW-Materialien aus Hochschule und Forschung, Bd. 114) (Vorwort frei abrufbar).
Andreas Keller (Hrsg.) mit Andrea Adams: Vom Studentenberg zum Schuldenberg? Perspektiven der Hochschul- und Studienfinanzierung. Bielefeld 2008 (GEW Materialien aus Hochschule und Forschung, Bd. 113).
Andreas Keller: Von Bologna nach Berlin. Perspektiven eines Europäischen Hochschulraums. Studie im Auftrag der PDS-Delegation in der Konföderalen Fraktion der Vereinten Europäischen Linken/Nordische Grüne Linke (GUE/NGL) im Europäischen Parlament. Brüssel 2003 (Reihe Materialien Nr. 10) (Artikel frei abrufbar).
Andreas Keller: Hochschulreform und Hochschulrevolte. Hochschulselbstverwaltung und Mitbestimmung in der Ordinarienuniversität, der Gruppenhochschule und der Hochschule des 21. Jahrhunderts. Marburg 2000 (Reihe Hochschule, Bd. 4).
Andreas Keller mit Peter Römer:Autonomie ohne Autokratie. Vorgaben des Hessischen Hochschulgesetzes für Verfahren und Inhalt einer Hochschulstrukturreform. Marburg 1996 (Forum Wissenschaft Studien, Bd. 37).