Der Ort geht zurück auf eine bronzezeitliche Siedlung der Castrokultur.[4] Die ab dem 2. Jahrhundert eintreffenden Römer ließen sich in der Siedlung nieder, wovon Funde wie Münzen oder Alltagsgegenstände zeugen. Im Zuge ihrer Landnahme ab 711 nahmen die Mauren den Ort, der seinen heutigen Namen dieser Zeit verdankt. Er geht vermutlich auf das arabischeal-bai-zir („aromatische Pflanzen“) zurück und ist wahrscheinlich über Alva-Varze und Alva Várzea zur heutigen Form gelangt. Andere Theorien sehen das arabische al-Baiaz („der Falkner“) als Ursprung des Ortsnamens.[5]
König D.Sancho II. besiedelte den im Verlauf der Reconquista zerstörten Ort neu und gab ihm 1200 erste Stadtrechte. 1385 wurde Alvaiázere durch König D.João I. zur Vila (Kleinstadt mit Verwaltungsrechten) erhoben und ist seither Sitz eines eigenen Kreises. 1514 erneuerte König D.Manuel I. die Stadtrechte.[6][7]
Am 29. September 2013 wurde die Gemeinde Maçãs de Caminho nach Alvaiázere eingegliedert.[8]
Mit der Gebietsreform im September 2013 wurden eine Gemeinde aufgelöst und zwei Gemeinden zusammengeschlossen, sodass sich die Zahl der Kreisgemeinden von zuvor sieben auf fünf verringerte.[8]
Die folgenden Gemeinden (Freguesias) liegen im Kreis Alvaiázere: