Wegen einer schweren Krankheit musste Alfred Signer seine Karriere als Musiker im Tonhalleorchester Zürich und im Orchester des Opernhauses Zürich aufgeben. Er kehrte nach Appenzell zurück und übernahm notgedrungen Orchester und Gesangvereine in Appenzell, Rebstein, Gais, St. Gallen, Gossau und Flawil als Dirigent übernahm. In den 1950er-Jahren war er ausserdem Musikalienhändler bei Musik Hug in St. Gallen und betrieb ein Schuhgeschäft an der Gontenstrasse in Appenzell. Er verheiratete sich 1951 mit Maria Schmid. Aus dieser Verbindung entsprossen ein Sohn und eine Tochter.
Von 1955 bis 1975 war Alfred Signer als Musiklehrer am Kollegium St. Antonius in Appenzell tätig. In späteren Jahren gab er ausserdem Singunterricht an der Mädchenrealschule Appenzell und an der Knabensekundarschule Appenzell sowie Musikunterricht im Kinderheim Wiesental in Gais. Hinzu kamen private Unterrichtsstunden. Als langjähriger Dirigent wirkte er im Männerchor Harmonie Appenzell, im Frauenchor Appenzell, im Sängerbund St. Georgen und im Jugendchor Appenzell.
1968 veröffentlichte Alfred Signer im Auftrag der Landesschulkommission Appenzell Innerrhoden das Innerrhoder Liederbuch. Darin arrangierte er traditionelle Weisen und schuf damit einen vielbeachteten Kanon des Innerrhodischen Liedgutes. Das kompositorische Werk Signers umfasst darüber hinaus Stücke für Blasorchester und Chöre. Vielbeachtet waren seine Kompositionen für die Festspiele in Appenzell sowie für die SAFFA in Zürich 1958.