Mit dem Tod Erzbischof Forbes’ am 22. Mai 1940 folgte er diesem als Erzbischof von Ottawa nach. Er bekleidete dieses Amt bis zu seinem Tod am 30. März 1953, der ihn auf einer Dienstreise in Dallas überraschte.
Vachons Interesse an Technik, Bergbau und Allgemeinwissenschaften brachte ihm das Amt des Präsidenten des National Research Council of Canada ein, er wurde auch zum Berater beim kanadischen Fischereiministerium berufen. Darüber hinaus war er Mitglied im Aufsichtsrat von Radio Kanada. Unter seiner Regie wurde 1947 der erste Marianische Kongress in Ottawa, an dem über 200.000 Gläubige teilnahmen, abgehalten. In Anerkennung seiner Leistungen wurde er von Papst Pius XII. zum Conte Romano ernannt.