Miranda-Ribeiro war der Sohn von Theotônio Victor Sayão und Josephina Mascarenhas de Miranda-Ribeiro. Seine Eltern waren Lehrer, bei denen er seine Grundschulzeit absolvierte. Von klein auf zeigte er eine Vorliebe für zoologische Aktivitäten: Er sammelte Exemplare und war an naturkundlichen Texten interessiert. Nach seinem Schulabschluss in Río Preto zog er nach Rio de Janeiro, wo er sich zunächst am Colégio Malvino Reis einschrieb und dann für ein Medizinstudium zum Colégio do Mosteiro de São Bento wechselte, das er jedoch ohne Abschluss beendete. Um seine Ausbildung zu finanzieren, arbeitete er bei der Presse. Im Oktober 1894 erhielt er von Domingo Freire, dem damaligen Direktor des Museu Nacional da Universidade Federal do Rio de Janeiro, eine Stelle als Assistenzpräparator in der zoologischen Abteilung. 1896 wurde er Assistenznaturforscher und führte diverse zoologische Studien durch. Im Februar 1899 wurde er zum Sekretär befördert.
1910 wurde Miranda-Ribeiro zum Vertretungsprofessor ernannt und 1929 zum Professor und Leiter der zoologischen Abteilung befördert, eine Position, die er bis zu seinem Tod innehatte.
Er sammelte Informationen und studierte die modernsten Techniken der Präparationsverfahren nach wissenschaftlichen Kriterien, um das Präparationslabor des Nationalmuseums neu zu organisieren.
Nach seiner Rückkehr im Jahr 1912 wurde er Generalinspekteur für Fischerei und begründete das erste Institut für Fischereiwissenschaft in Brasilien. Im Zuge seiner Arbeit besuchte er viele Teile des Landes. Im Jahr 1918 wurde er nach São Paulo berufen, wo er sich der Fischsammlung des Museu Paulista widmete, und 1921 erneut, um die Sammlung von Fröschen und Salamandern in der gleichen Einrichtung zu organisieren.
Um 1899 begann Miranda-Ribeiro zu publizieren. Seine Bibliographie, die sich über einen Zeitraum von 40 Jahren erstreckt, enthält etwa 130 Titel. Die meisten dieser Veröffentlichungen waren der Ichthyologie und der Herpetologie gewidmet, jedoch um 1926 begann er mit der ornithologischen Reihe Notas Ornitologicas, die in der Revista do Museo Paulista erschien, darunter eine Abhandlung über die Seriemas und eine Monografie über die Steißhühner Brasiliens. Von 1907 bis 1915 veröffentlichte er fünf Bände von Fauna Brasiliense: Peixes, ein 2000 Seiten umfassendes Standardwerk über die Ichthyofauna Brasiliens. 1916 war er Gründungsmitglied der Academia Brasileira de Ciências. Miranda-Ribeiro war auch korrespondierendes Mitglied der American Ornithologists’ Union.
Alipio de Miranda Ribeiro: A Commissão Rondon e o Museu Nacional; conferencias. L. Macedo, Rio de Janeiro 1916, doi:10.5962/bhl.title.4354.
Theodore Sherman Palmer: Obituaries. In: The Auk. Band65, Nr.1, Januar 1948, S.167–168, doi:10.2307/4080271. (der gleiche Text befindet sich in Palmers Buch Biographies of members of the American Ornithologists Union, 1884–1954. American Ornithologists’ Union, Washington 1954 auf den Seiten 473–474)
Kraig Adler: Contributions to the History of Herpetology. (= Contributions to herpetology. 5). Society for the Study of Amphibians and Reptiles, 1989, ISBN 0-916984-19-2, S. 87–88
José P. Pombal Jr.: Ribeiro ou Miranda-Ribeiro? Nota biográfica sobre Alípio de Miranda Ribeiro (1874–1939). In: Revista Brasileira de Zoologia. Band19, Nr.3, September 2002, ISSN0101-8175, S.935–939, doi:10.1590/S0101-81752002000300030 (brasilianisches Portugiesisch).