Die Agarose wird durch Erhitzen in Wasser gelöst. Wenn man die Agaroselösung auf unter 45 °C abkühlt, bildet sich ein Gel. Die Gelbildung wird erfolgt durch Ausbildung von Wasserstoffbrückenbindungen zwischen den Hydroxygruppen der Agarose-Ketten.[6]
Agarosegel ist die Bezeichnung für ein Gel, das in der Agarose-Gelelektrophorese zur elektrophoretischenTrennung von Substanzen, z. B. von Nukleinsäuren oder Proteinen eingesetzt wird. Es wird durch Aufkochen von Agarose in einem Puffer hergestellt, beispielsweise in TBE-Puffer, in TAE-Puffer oder in LB-Puffer. Die Konzentration der Agarose im Puffer richtet sich nach der Größe der mit der Gelelektrophorese aufzutrennenden Teilchen, wobei für kleinere Partikel eine bessere Trennung (räumliche Auflösung) mit einem höherprozentig angesetzten Agarosegel erzielt werden kann, für größere mit einem niederprozentigen Gel. Für die Agarosegel-Elektrophorese von Plasmiden und deren Restriktionsfragmenten verwendet man beispielsweise meist eine Konzentration von 0,7 bis 1,2 % Agarose im Gelpuffer.
Agarose-Konzentration in % (w/v)
Auftrennungsbereich in bp
0,5
1000–30000
0,7
800–12000
1,0
500–10000
1,2
400–7000
1,4
200–4000
2,0
50–2000
Für die Auftrennung von RNA müssen spezielle Formaldehyd-haltige Gele verwendet werden. Häufig werden den Gelen bereits bei der Herstellung Hilfsstoffe zur Sichtbarmachung der aufgetrennten Moleküle zugesetzt. Im Falle von DNA handelt es sich dabei meist um Ethidiumbromid.
Jeremy M. Berg, John L. Tymoczko, Lubert Stryer: Biochemie. 6. Auflage, Spektrum Akademischer Verlag, Heidelberg 2007, ISBN 978-3-8274-1800-5.
Donald Voet, Judith G. Voet: Biochemistry. 3. Auflage, John Wiley & Sons, New York 2004, ISBN 0-471-19350-X.
Bruce Alberts, Alexander Johnson, Peter Walter, Julian Lewis, Martin Raff, Keith Roberts: Molecular Biology of the Cell. 6. Auflage, Taylor & Francis, London 2008, ISBN 978-0-8153-4106-2.