Aelrun Goette war 14, als ihre Mutter starb.[1] Nach der 10. Klasse verließ sie die Schule. Sie wollte Psychologie studieren, wurde aber nicht zum Abitur zugelassen, da sie sich in der Friedensbewegung engagierte.[2] Sie machte eine Ausbildung als Krankenschwester. Sie arbeitete daraufhin in der Psychiatrie und später auch als Vollzugshelferin. Kurz vor der Wende jobbte Goette als Model bei der Zeitschrift Sibylle, bevor sie ab 1990 das Abitur nachholte und zunächst Philosophie an der Humboldt-Universität zu Berlin, später dann Regie an der Filmhochschule Babelsberg studierte. Zwischendurch arbeitete sie als Schauspielerin und Theaterregisseurin. So mimte sie von 1994 bis 1995 die Rolle Claudia Wedemaier-Gundlach in der SeifenoperGute Zeiten, schlechte Zeiten.
Ihre Filme beschäftigen sich häufig mit Menschen – besonders Frauen – in Grenzbereichen. So handelt ihr erster Dokumentarfilm Ohne Bewährung – Psychogramm einer Mörderin von einem 15-jährigen Mädchen, das eine 13-Jährige zu Tode quälte. In ihrem vielbeachteten und mit verschiedenen Preisen ausgezeichneten Dokumentarfilm Die Kinder sind tot (2003) beschäftigt sie sich mit dem Leben einer Mutter, die ihre beiden Kinder verdursten ließ.
Auch ihr erster abendfüllender Spielfilm Unter dem Eis (2005) handelt von einer Familientragödie und wurde 2007 mit dem Grimme-Preis bedacht. Die unter Goettes Regie entstandene Tatort-Folge Der glückliche Tod, die sich mit dem Thema Sterbehilfe auseinandersetzt, wurde mit dem Film- und Fernsehpreis 2009 des Hartmannbunds ausgezeichnet.[3] Ihre weiteren Filme erhielten zahlreiche Auszeichnungen. 2019 ernannte die Filmuniversität Babelsberg sie zur Honorarprofessorin für die Studiengänge Schauspiel, Regie und Drehbuch/Dramaturgie.[4]
2019 erhielt sie das Spreewald Literaturstipendium für ihr Drehbuch In einem Land, das es nicht mehr gibt.[5] Auch der BKM förderte das Drehbuch über die Modeszene der DDR mit 30.000 Euro. Der Film kam am 6. Oktober 2022 in die Kinos. Goette führte Regie, Tanja Ziegler übernahm die Produktion.[6][7]In einem Land, das es nicht mehr gibt wurde dreimal für den Deutschen Filmpreis 2023 nominiert und gewann ihn mit Jördis Triebel als beste Nebendarstellerin.
2011: „Special mention by the quality jury“ sowie der Preis „Best film“ beim Prize Social World Film Festival / Vittorio Veneto Film Festival für Keine Angst