Die Saison 2016/17 der 3. Liga ist die 7. Spielzeit der dritthöchsten deutschen Spielklasse im Handball der Männer. Am Ende der Saison sind die Tabellenersten der vier Staffeln Nord, Ost, West und Süd zum direkten Aufstieg in die 2. Handball-Bundesliga 2017/18 qualifiziert. Die drei Letztplatzierten jeder Staffel steigen in die Oberliga ab.
Anders als in der ersten und zweiten Handball-Bundesliga wird in der 3. Handball-Liga bei Punktgleichheit zunächst der direkte Vergleich und erst danach die Tordifferenz herangezogen.