El club va ser fundat l'any 1994 amb el nom d'Oita Trinity. Jugà a la lliga de la prefectura d'Ōita, la lliga Kyushu i la lliga Nacional (segon el 1996) i ascendí a la Japan Football League. El 1999 canvià el nom per Oita Trinita i ingressà a la J2 de la J. League.