Ordenatprevere el 1981 a la catedral de Sant Agapit màrtir de Palestrina, i des d'aquell any fins al 2000 fou vicerector ajudant de la basílica de Santa Maria in Trastevere de Roma, de la qual va ser rector fins al 2010. Del 2005 al 2010 va ser prefecte de la tercera prefectura de Roma. Rector de l'església de Santa Croce alla Lungara (des del 1983), membre del consell presbiteral (des del 1995), el 2010 va ser nomenat rector de la parròquia de l'església de Santi Simone i Giuda Taddeo a Torre Angela i el 2011, prefecte de la XVII prefectura de Roma. També és capellà de Sa Santedat (des del 2006) i assistent eclesiàstic general de la Comunitat de Sant'Egidio (des del 2000).
El 1990, juntament amb Andrea Riccardi, Jaime Pedro Gonçalves i Mario Raffaelli, va exercir el paper de mediador en les negociacions entre el govern de Moçambic (aleshores controlat pels socialistes del Front d'Alliberament de Moçambic) i el partit de Resistència Nacional de Moçambic, compromesos des de 1975 en una guerra civil. La mediació va conduir el 4 d'octubre de 1992, després de 27 mesos de negociacions, a la signatura dels acords de pau de Roma que sancionaven la fi de les hostilitats.[1] Per a aquests esdeveniments, Zuppi i Riccardi són designats ciutadans honoraris de Moçambic.[2] Més tard va continuar operant amb l'anomenada “diplomàcia paral·lela” de la Comunitat de Sant’Egidio.[3]
El 9 de setembre de 2017, a la catedral de Sant Pere, va presidir el solemne funeral del seu predecessor, el cardenal Carlo Caffarra.
L'1 d'octubre de 2017, va donar la benvinguda al papa Francesc en una visita pastoral a Bolonya per a la conclusió del congrés eucarístic diocesà. És un dels pocs arquebisbes que va celebrar la missa tridentina després del motu proprio Summorum Pontificum.
el llibre de l'Evangeli, sobre el qual està gravada la frase, extreta de l'evangeli segons Joan, "Levate oculos vestros ad messem" (Alça els ulls cap a la collita);[8]
un riu, que recorda Roma, la seva ciutat natal, fundada sobre el riu Tíber;
la Creu amb l'A i l'Ω, el senyal de Crist, principi i final de totes les coses, present a l'arc triomfal de la basílica de Santa Maria in Trastevere de Roma, on l'arquebisbe va viure la major part del seu ministeri sacerdotal.
El lema «Gaudium Domini fortitudo vestra» ("La joia del Senyor és la vostra força")
Zuppi, Matteo Maria. La Confessione, il perdono per cambiare. Cinisello Balsamo: Edizioni San Paolo, 2010. ISBN 978-88-215-6821-3.
Zuppi, Matteo Maria. Guarire le malattie del cuore: itinerario quaresimale. Cinisello Balsamo: Edizioni San Paolo, 2013. ISBN 978-88-215-7649-2.
Zuppi, Matteo Maria. Odierai il tuo prossimo come te stesso. Perché abbiamo dimenticato la fraternità. Casale Monferrato: EEdizioni Piemme, 2019. ISBN 978-88-566-7233-6.