La fauna de la península Ibèrica presenta una àmplia diversitat que es deu en gran part a dos factors, la posició geogràfica de la península Ibèrica, entre l'Atlàntic i el Mediterrani i entre Àfrica i Euràsia, i la gran diversitat d'hàbitats i biòtops, conseqüència d'una varietat considerable de climes i regions ben diferenciades.
Fins a l'arribada de les noves tècniques moleculars d'estudi taxonòmic es pensava que la diversitat de peixos d'aigua dolça era molt menor en els rius del llevant i de la resta de la península Ibèrica en contrast amb la major part d'Europa. Amb aquestes noves tècniques s'han identificat als rius i llacs de la península Ibèrica 45 espècies de peixos (estrictament d'aigua dolça) que pertanyen a 15 famílies i es calcula que hi ha encara 6 tàxons de peixos més que queden per descriure.
El percentatge d'espècies endèmiques als Països Catalans sobre el total del continent europeu és molt elevat, del 55%. En cipriniformes l'endemicitat puja fins al 80% (23 espècies endèmiques d'un total de 29)
L'alta taxa d'endemismes es considera en general com una resposta a fenòmens ambientals i històrics.
La fauna piscícola d'aigües continentals té un origen antic (Oligocè superior), fa almenys 26 milions d'anys, moment en el qual desapareixen les famílies tropicals de peixos que hi havia abans de l'Oligocè. Quan es van aixecar la serralada dels Pirineus la península Ibèrica i per tant els Països Catalans queden pràcticament aïllats de la resta de fauna piscícola europea.
Al Miocè superior hi ha l'Assecament del Mediterrani i la Península va poder ésser colonitzada per fauna africana o europea. Quan es va obrir l'estret de Gibraltar fa 5,5 milions d'anys, la fauna de peixos dels Països Catalans va tornar a quedar aïllada. Finalment al llarg del segle XX arriben espècies invasores amb peixos perjudicials per als peixos autòctons. Al declivi faunístic hi ha contribuït també les dessecacions, contaminacions, embassaments, construcció de noves lleres per als rius, etc.
Tant el fartet com el samaruc estan amenaçats per l'espècie invasora (introduïda amb la finalitat inicial de combatre els mosquits) Gambusia holbrooki. El fartet i el samaruc migren cap a aigües més salines. Actualment aquestes espècies endèmiques només es troben en una dotzena de localitats peninsulars, entre elles tres del País Valencià. El samaruc es troba molt restingit però sembla que anys enrere es presentava des dels Aiguamolls de l'Empordà fins al nord de la província d'Alacant. Actualment només n'hi ha a Peníscola, Albufera de València i Pego-Oliva.