Farah Khan va néixer al si d'una família on la majoria dels seus membres treballaven o encara treballen en el món del cinema. Estudiant de sociologia, va descobrir la seva vocació per la dansa veient una entrevista de Michael Jackson a la televisió. Va aprendre a ballar essencialment pel seu compte i va crear un grup de dansa.[2]
El 1992 va coreografiar les seves primeres cançons a la pel·lícula, Jo Jeeta Wohi Sikandar, a la que van seguir nombrosíssimes cançons de les quals moltes van assolir un gran èxit. Ha obtingut el Filmfare Award a la millor coreografia en cinc ocasions i un premi Tony el 2004. A continuació, va passar a dirigir el seu primer film Main Hoon Na, que va ser produït per Shah Rukh Khan. La pel·lícula va ser un gran èxit, i Farah Khan es va convertir en la primera dona a ser nominada pel Filmfare al millor director. La seva segona realització com a directora, Om Shanti Om, va ser, al moment de la seva sortida, la pel·lícula en hindi amb més èxit de taquilla de tots els temps.[3]
Farah Khan va coreografiar l'estrella pop colombiana Shakira per a una versió Bollywood del seu èxit Hips Don't Lie, a l'ocasió dels MTV Video Music Awards del 31 d'agost de 2006, que es van celebrar al Radio City Music Hall.[4] El 2009, també va coreografiar Kylie Minogue per a la cançó Chiggy Wiggy de la pel·lícula Blue. Ha participat igualment en diversos programes de televisió com a animadora.
Des del 2004 està casada amb Shrish Kunda, que també treballa al cinema com a director i muntador, i amb qui té tres fills trigèmins: un nen, Czar, i dues nenes, Diva i Anya.[5] Fahra Khan i el seu marit han creat una companyia de producció anomenada, en honor dels seus fills, "Three's Company". Explica que creu en tres religions: l'hinduisme, l'islam i el zoroastrisme.[6]