تُوفي ألكونت بيتزامانو في عام 1860، ولم تقم الحكومة البلجيكية حتى عام 1908 بتعيين قنصل فخري جديد. في ذلك الحين، كان يوجد ثلاث قنصليات فخرية في فلسطين في يافا، وحيفا والقدس. خلال الحرب العالمية الثانية افتتحت القنصلية العامة في القدس في 1 مارس 1941. ومنذ ذلك الحين يديرها الدبلوماسيون.[1]
تعدل اختصاص القنصلية العامة في القدس وفقًا لقرار تقسيم فلسطين عام 1947 باعتبار القدس منطقة دولية. بعد حرب النكبة عام 1948، صارت القنصلية العامة في القدس مسؤولة عما سُمي لاحقًا الضفة الغربية، وبعد حرب النكسة عام 1967 أُضيف إلى اختصاص القنصلية قطاع غزة.[1]