أقامت أفغانستان وإندونيسيا علاقات دبلوماسية عام 1954م حيث تقوم هذه العلاقة في الغالب على التضامن الديني المشترك كون إندونيسيا هي أكبر دولة ذات أغلبية مسلمة من حيث عدد السكان كما أن أفغانستان دولة ذات أغلبية مسلمة.
أعربت إندونيسيا عن التزامها بدعم ومساعدة لإعادة بناء أفغانستان ما بعد طالبان في مختلف القطاعات،بما في ذلك التدريب الفني والبنية التحتية وتمكين المرأة ودعم الجامعات وتدريب الدبلوماسيين.[6]