بعد إعلان الجمهورية، كان بينا حاكم ولاية ميناس جيرايس بين 1892و1894. وفي عام 1902 أصبح بينا نائبا للرئيس رودريغز ألفيز. انتخب رئيسا في عام 1906 وخدم حتى وفاته في عام 1909، بعد أيام قليلة من وفاة ابنه ألفارو بينا.
وكان أفونسو بينا أول رئيس برازيلي يناصر تدخل الدولة في تجارة القهوة، لذلك بدات الحكومة في عهده بشراء فائض إنتاج القهوة من اجل الحفاظ على ارتفاع أسعار البن في الأسواق الدولية. كما شجع على التوسع في إنشاء خطوط السكك الحديدية في انحاء البرازيل.
شهد عهده أيضا إعادة تنظيم الجيش البرازيلي بقيادة هيرميس رودريغز دا فونسيكا.