في 13 مارس 2020 تم الإبلاغ عن أول حالة إصابة مؤكدة بفيروس كورونا في ولاية الخرطوم، وهو رجل توفي في 12 مارس 2020 كان قد زار الإمارات العربية المتحدة في الأسبوع الأول من مارس.[1][2]
توقف السودان عن إصدار تأشيرات ورحلات لثمانية دول بما في ذلك إيطالياومصر بسبب مخاوف من تفشي كورونا.[3]