لعبت مرحلة مجموعات دوري أبطال آسيا 2009 من 10 مارس إلى 20 مايو 2009. تنافس ما مجموعه 32 فريقاً في مرحلة المجموعات لحجز 16 مكاناً في مرحلة خروج المغلوب لدوري أبطال آسيا.
انسحب نادي الشارقة من المنافسة مع تبقي مباراتين. ونتيجة لذلك تم شطب نتائجه.[2]
وكان قد تبين إشراك الشارقة اللاعب غير المؤهل عبد العزيز محمد المازم خلال مباراة فريقه الآسيوية ضد الشباب السعودي يوم 8 أبريل 2009. لذ تم تغريم الشارقة 4,000 دولار أمريكي وتم اعتباره خاسراً من الشباب 3–0.[3]