عندما نال السودان استقلاله عن بريطانيا في عام 1956، لم يكن لدى الأغلبية المسيحية في جنوب البلاد أي رموز إقليمية. قبل الاستقلال، كانت الحكومة البريطانية قد رتبت لرموز محلية للأقاليم في السودان، لكن الحكومة الجديدة عارضت استخدام هذه الرموز.[7]
خاض السودانيون الجنوبيون حربًا أهلية من أجل الحصول على الاستقلال أعقبها اتفاق سلام في 2005 اشتمل على استفتاء للاستقلال. حصل الاستفتاء على تأييد ساحق، واستقل جنوب السودان رسميًا عن شمال السودان في 9 يوليو 2011. وفي التسعينيات، أثناء صراعهم مع السودانيين الشماليين، وضع السودانيون الجنوبيون علماً ثلاثي الألوان تشبه ألوانه ألوان علم كينيا، أصبح فيما بعد العلم الوطني الجديد لجنوب السودان.[8]