تأسست سيناء للطيران عام 1982 لتكون بذلك ثاني شركة طيران تسير رحلات بين مصروإسرائيل، وذلك بعد إيقاف شركة «نفرتيتي للطيران» تشغيلها لهذا الخط، قامت الحكومة المصرية بإنشاء الشركة لتسيير الرحلات الجوية بين مطار القاهرة الدوليومطار بن غوريون الدولي في تل أبيب، والسبب من وراء إنشاء الشركة هو منع القيادة السياسية في مصر لهبوط طائرات شركة مصر للطيران في مطارات إسرائيل، وكانت الشركة تسيير خمسة رحلات أسبوعية إلى تل أبيب على طائرة واحدة من طراز بوينغ 737-200. وأستمر نشاط الشركة حتى أوقفت عملياتها عام 2002، وقامت مصر للطيران القابضة بشراء أسهمها بالكامل وتشغيل الخط على متن طائرة من طراز بوينغ 737-500، وتسير الشركة حالياً رحلتين أسبوعياً إلى تل أبيب بعدما كانت تسعة رحلات أسبوعياً، وذلك بسبب عدم استقرار الأوضاع في الأراضي الفلسطينية.
