في سنة 193 هـ هاجر إسحاق بن جعفر مع زوجته السيدة نفيسة وباقي أسرته إلى مصر وصلوا إلى القاهرة في 26 شهر رمضان سنة 193 هـ، ورحب بهم أهل مصر وسكن إسحاق بن جعفر مع أسرته في بيت أحد التجار المصريين يعرف بجمال الدين بن عبد الله بن الجَصّاص، ثم انتقلت بعد عدّة شهور إلى بيت أم هانئ، ومنها إلى بيت أبي السرايا أيوب بن صابر، وحينما شعرت السيدة نفيسة أن كثرة المراجعين لها يزعج صاحب الدار قررت الرحيل من مصر، ففزع الناس لقرارها، ورفضوا رحيلها، حتى تدخل والي مصر السري بن الحكم، وقال لها: يا ابنة رسول الله، إني كفيل بإزالة ما تشكين منه، فوهبها دارا واسعة، فبقيت في مصر.
روى المؤرخون: أنَّ إسحاق بن جعفر كان من أشبه الناس برسول الله[3]، وكان إسحاق بن جعفر يعتقد[4] بإمامة أخيه موسى الكاظم وهو من روى وصية أبيه الصادق بالإمامة لأخيه الكاظم، وكذلك إيمانه بإمامة الرضا ودفاعه عنه بعد اعتراض أخوته على إمامته ولُقب إسحاق بن جعفر بعدة ألقاب وهي: المدني، الهاشمي، المؤتمن[5]، الحزين[6]
قال الشيخ المفيد: إسحاق بن جعفر من أهل الفضل والصلاح والورع والاجتهاد وروي عنه الحديث.[9]
كان ابن كاسب إذا حدَّث عنه يقول: حدَّثني الثقة الرضي إسحاق بن جعفر.[10]
وقال الكليني: كان من شهود وصية أخيه لعلي بن موسى
قال الشبستري عنه: محدث إمامي ثقة ممدوح، وكان مجتهداً فاضلاً، صالحاً، ورعاً
قال يحيى بن معين: ما أراه إلا كان صدوقاً روى له البخاري[11] في كتاب القراءة خلف الإمام والترمذي وابن ماجه
ذكره ابن عقدة في رجال الشيعة وقال: كان يقال له الحزين؛ لأنه لم يُرَ ضاحكاً قط[12]
قال جمال الدين أحمد بن عنبة في عمة الطالب: كان محدثا جليلا وادعت فيه طائفة من الشيعة الإمامة وكان سفيان بن عيينة إذا روى عنه يقول حدثني الثقة الرضا إسحاق بن جعفر[13]
قال المقريزي في خططه: كان من أهل الصلاح والخير والفضل والدين روي عنه الحديث
قال عثمان الدارمي عن ابن معين ما أراه كان الا صدوقا[14]
