Pada tahun 1230, ketika para doktor dari Universitas Paris tersebar, sejumlah guru dan murid mengungsi ke Orléans. Ketika Paus Bonifasius VIII, pada tahun 1298, mengumumkan buku keenam dari Dekrit tersebut, ia menunjuk para doktor dari Bologna dan para dokter dari Orléans untuk memberikan komentar.
St Yves (1253–1303) mempelajari hukum perdata di Orléans, dan Paus Klemens V juga mempelajari hukum dan sastra di sana. Melalui bulla kepausan yang diterbitkan di Lyon, tertanggal 27 Januari 1306, ia menganugerahi institut Orléans gelar dan hak istimewa sebuah universitas.
Dua belas paus terkemudian memberikan banyak hak istimewa kepada universitas baru tersebut. Pada abad ke-14 terdapat lima ribu siswa dari Perancis, Jerman, Lorraine, Burgundy, Champagne, Picardie, Normandia, Touraine, Guyenne dan Skotlandia.
Universitas yang berdiri saat ini didirikan pada tahun 1960, setelah pendahulunya pada abad pertengahan ditutup pada tahun 1793 dan digabungkan menjadi Universitas Prancis pada tahun 1808.