Sumbernya terletak di Pegunungan Alpen Swiss di kawasan Engadina yang dinamai menurut sungai itu, disebut En di sana. Mengalir ke timur laut, memasuki Austria, dan dari Landeck ke arah barat melalui negara bagian Tirol dan ibu kotanya, Innsbruck, dan melewati perbatasan Bayern dekat Kufstein.
Di wilayah Bayern sungai itu mengalir ke utara dan melewati kota Rosenheim, Wasserburg dan Waldkraiburg; kemudian berbelok ke arah timur, mengalir melalui Mühldorf dan Neuötting dan melebar dengan 2 anak sungai utama, Alz dan Salzach.
Dari sini ke Donau, membentuk perbatasan antara Jerman (Bayern) and Austria (Oberosterreich). Kota-kota di bagian akhir sungai ini ialah Simbach, Braunau dan Schärding.
Di kota Passau akhirnya Inn memasuki Sungai Donau (sebagaimana sungai Ilz di sini).
