San Miguel (pengucapan bahasa Spanyol: [ˈsammiˈɣel]) adalah sebuah kota di El Salvador timur. Kota ini merupakan yang terpadat ketiga di negara tersebut. Kota ini berlokasi 138 km di sebelah timur ibu kota negara, San Salvador. Kota ini juga merupakan ibu kota dari departemen San Miguel dan merupakan sebuah munisipalitas. Populasi kota ini pada 2017 adalah 518.410.