Samurai Deeper Kyo adalah manga karya Akimine Kamijyo. Manga ini pertama kali diterbitkan pada Mei 1999 di Shūkan Shōnen Magazine. Manga ini kemudian diadaptasikan menjadi serial anime yang dibuat oleh Studio Deen. Manga dan anime ini mengkombinasikan genre laga dengan supernatural, dan memakai tokoh-tokoh sejarah untuk membuat sejarah alternatif pada era Tokugawa Jepang.
Walaupun berbeda pada cerita dan penokohannya, anime dan manga ini menceritakan tokoh utama Kyo si Mata Iblis (鬼目の狂, Oni Me no Kyō) yang ingin mengambil kembali tubuhnya setelah rohnya terperangkap di tubuh lawannya, Kyoshiro Mibu. Kyo ditemani oleh tokoh lain, antara lain, pemburu penjahat Shiina Yuya, Benitora, dan musuh Tokugawa yang terkenal, Sanada Yukimura. Di dalam kisah ini banyak tokoh sejarah Jepang yang muncul.
Cerita ini dimulai dari pertemuan antara Shiina Yuya dan Mibu Kyoshiro. Kemudian mereka mengalami sebuah pertarungan di sebuah desa, dan muncul tokoh utama dalam cerita ini yaitu Kyo si Mata Iblis (鬼目の狂) yang kepalanya dihargai 1 juta ryo. Aksi-aksi pun dilakukan oleh Kyo setelah kejadian itu Yuya mengira Kyoshiro memiliki kepribadian ganda, tokoh-tokoh misterius juga muncul yaitu Okuni dan Benitora (Hidetada Tokugawa). Awalnya mereka berdua adalah musuh, tetapi mereka tertarik dengan 'Kyo si Mata Iblis' lalu ikut dengan Kyo, bahkan samurai terkenal dari klan Sanada juga ikut menjadi rekan Kyo.
"Kyo si Mata Iblis" sebenarnya adalah keturunan terakhir klan Mibu, yaitu klan yg disebut sebagai klan dewa dan mengatur Jepang dari "balik layar". Pedang kyo adalah salah satu dari 4 pusaka Muramasa. Pedang Kyo yang bernama Tenro mempunyai roh/jiwa raja merah yg pertama. Saat berlatih Kyo diserang salah satu goyousei yaitu pejabat tinggi klan Mibu yg menguasai elemen air yang bernama Shinrei. Pada saat mereka bertarung, Kyo kalah telak dengan Shinrei, tetapi ditolong oleh Muramasa yang juga mantan taishiro yang memiliki kekuasaan tertinggi setelah raja merah. Setelah kalah, Shinrei pergi tetapi setelah dia melakukan taruhan dengan Kyo, Shinrei memasukan naga air ke dalam tubuh Yuya yang akan membunuh Yuya setelah 60 hari. Demi menyelamatkan Yuya, Kyo pun berlatih berdua dengan Muramasa di dalam gua. Pada saat Kyo sedang berlatih, Yuya dan Bontemaru (Masamune Date) diserang anggota goyousei yang bernama Keikoku yang berelemen api.
