Politeknik Kesehatan Kemenkes Jakarta II merupakan institusi pendidikan kesehatan di bawah Kementerian Kesehatan yang berada di Kebayoran Baru, Jakarta Selatan.
Akademi-Akademi Kedinasan telah mengalami perubahan kelembagaan beberapa kali. Pada tahun 1991 dengan dikeluarkannya surat keputusan Menteri Kesehatan Nomor: 095/MenKes/ SK/II/1991, tentang Akademi-Akademi Kedinasan Departemen Kesehatan menjadi Pendidikan Ahli Madya Kesehatan, kemudian pada tahun 1993 dengan dikeluarkannya surat keputusan Menteri Kesehatan Nomor: 535/ Menkes/SK/VII/1993 tanggal 10 Juli 1993 tentang Organisasi dan Tata Kerja Akademi-Akademi Kedinasan Departemen Kesehatan, Pendidikan Ahli Madya berubah kembali menjadi Akademi.
Tahun 2001 berdasarkan Keputusan Menteri Kesehatan No: 298/MenKes dan KesSos/SK/IV/2001, tertanggal 16 April 2001 tentang Organisasi dan tata Kerja Politeknik Kesehatan, terbentuklah Politeknik Kesehatan Jakarta II, yang merupakan penggabungan 7 (tujuh) Akademi yang terdiri dari Akademi Teknik Elektromedik, Akademi Teknik Radiodiagnostik dan Radioterapi, Akademi Teknik Gigi, Akademi Gizi, Akademi Kesehatan Lingkungan, Akademi Farmasi, Akademi Analisis Farmasi dan Makanan berubah status menjadi jurusan pada institusi Politeknik Kesehatan Jakarta II. Nama jurusan yang ada di Politeknik Kesehatan Jakarta II adalah sebagai berikut:
Jurusan Teknik Elektromedik
Jurusan Teknik Radiodiagnostik & Radioterapi
Jurusan Teknik Gigi
Jurusan Gizi
Jurusan Kesehatan Lingkungan
Jurusan Analisis Farmasi dan Makanan
Jurusan Farmasi
Terbentuknya Politeknik Kesehatan menuntut adanya penyelenggaraan pendidikan, penelitian dan pengabdian kepada masyarakat, pembinaan civitas akademika dan administrasi secara terpadu didasarkan pada Keputusan Menteri Kesehatan Nomor: OT.01.01.2.4.0375 dan disempurnakan dengan Peraturan Menteri Kesehatan RI No. 890 tahun 2007, tentang Pedoman Organisasi Dan Tatalaksana Politeknik Kesehatan., serta SK Menkes Nomor: OT.02.03/I/4/03440.1 tanggal 1 Juli 2008 tentang Pedoman Organisasi dan Tatalaksana Politeknik Kesehatan Departemen Kesehatan RI.
