Seminggu kemudian dimulai deportasi massal pertama dari negara-negara Baltik. Orang-orang Estonia segera menyadari bahwa Jerman Nazi juga penjajah seperti Soviet, meskipun mereka tetap berharap bisa kembali merdeka.
Jerman menjarah Estonia untuk tujuan perang mereka dan melancarkan Holokaus di Estonia, selama masa ini mereka dan kolaboratornya membunuh puluhan ribu orang (termasuk etnis Estonia, Yahudi Estonia, Gipsi Estonia, Estonia Rusia, tawanan perang Soviet, Orang Yahudi dan dari negara lainnya).[1]
Pada masa pendudukan, Estonia dimasukkan ke dalam provinsi Jerman yang dinamakan Ostland.