Pemodelan homologi digunakan untuk mengetahui struktur sekunder dari sekuenasam amino dengan cara membandingkan dengan sekuen yang telah diketahui strukturnya.[1] Pemodelan homologi disebut juga dengan pemodelan komparatif yang dapat membentuk secara detail hingga struktur tiga dimensi.[2]
Proses yang dilakukan pertama adalah pensejajaran antara sekuen protein yang belum diketahui dengan semua protein yang ada dalam bank data protein.[2] Setelah dilakukan proses persejajaran dari sekuen asam amino, maka didapatkan beberapa kandidat protein yang dari dapat dijadikan acuan.[2] Beberapa acuan tersebut dipilih yang memiliki resolusi terbaik yang nantinya akan dijadikan cetakan.[2]
Algoritme pemodelan homologi telah dikembangkan untuk dua hal yaitu:
Mengkonstruksi struktur yang sangat akurat untuk pengujian protein yang kuat antara sekuen dengan cetakan ( > 60%).[2]
Mengkonstruksi struktur yang masuk akal untuk pengujian protein yang lemah antara sekuen dengan cetakan ( < 40%).[2]
Referensi
^(Inggris) Srinivas VR. 2005. Bioinformatics A Modern Approach. New Delhi: Prentice-Hall.
^ abcdef(Inggris) Reid RE. 2000. Peptide and Protein Drug Analysis. New York: Marcel Dekker.
