Ia termasuk salah satu petinggi Nazi yang menolak rencana pemusnahan populasi Yahudi di dunia (meskipun ia sendiri mempercayai bawah gerilyawan Prancis dibentuk dan dibiayai oleh Yahudi). Ia mengatakan bahwa pemusnahan bangsa Yahudi hanya akan menodai reputasi Jerman saja. Stülpnagel menolak perintah Hitler untuk membumihanguskan Paris sesaat sebelum pasukan sekutu membebaskan ibu kota Prancis tersebut pada tahun 1944.
Ia akhirnya bunuh diri di dalam penjara Paris saat menanti hasil pengadilan kejahatan peang tahun 1948.
