Nama misi ini diambil dari nama St Bonaventura. Pada tanggal 9 Juni 2020, Paus Fransiskus mengangkat gereja misi tersebut menjadi basilika minor, dan pada tanggal 15 Juli 2020, hari raya santo pelindungnya, pengumuman mengenai tindakan Paus diumumkan dibuat dan peningkatan status misi secara resmi diproklamirkan oleh Uskup AgungJosé Gómez dari Los Angeles. Nama misi diubah untuk mencerminkan status baru ini di Gereja Katolik.[1]
Misi San Buenaventura rencananya akan didirikan pada tahun 1770, namun pendiriannya tertunda karena rendahnya ketersediaan pengawal militer yang diperlukan untuk mendirikan misi tersebut. Pada tahun 1793, gereja pertama terbakar. Ketika misi tersebut selesai, misi tersebut mencakup segi empat yang berdekatan dengan ruang tamu dan ruang kerja. Yang tersisa dari misi aslinya hanyalah gereja dan tamannya.
