Babak sistem gugur Liga Champions Dua AFC 2024–2025 akan dimainkan dari 11 Februari hingga 17 Mei 2025.[1] Sebanyak 16 tim berlaga di babak sistem gugur.[2]
Pada babak gugur, 16 tim akan bermain dalam sistem turnamen sistem gugur. Setiap pertandingan akan dimainkan dalam format dua leg kandang dan tandang, kecuali final yang akan dimainkan dalam satu pertandingan. Waktu tambahan dan adu penalti akan digunakan untuk menentukan pemenang jika diperlukan (Aturan Regulasi Pasal 10). Urutan pertandingan (kandang vs tandang) ditentukan dalam undian, kecuali final. Final telah ditentukan sebelumnya berdasarkan rotasi, di mana pertandingan akan diselenggarakan oleh tim dari Wilayah Timur. Pengundian untuk babak gugur akan diadakan pada 12 Desember 2024.
Di final, pemenang semi-final dari Wilayah Barat dan Wilayah Timur akan bertanding satu sama lain, dengan tim tuan rumah (dari Wilayah Timur) dipilih secara bergiliran dari final musim sebelumnya.
