Jacquin lulus dari Universitas Wina jurusan kedokteran pada 1788. Antara 1788 hingga 1791 dia dikirim dalam rangka perjalanan ilmiah ke Jerman, Prancis dan Inggris oleh Kaisar Francis II.
Dia mewarisi posisi ayahnya sebagai profesor botani dan kimia di Universitas Wina sejak 1797 hingga pensiun pada 1838. Jacquin terpilih menjadi anggota orang asing Akademi Ilmu Pengetahuan Kerajaan Swedia pada 1821.
Jacquin, J. F. Beyträge zur Geschichte der Vögel. C.F. Wappler, Wien 1784.
Jacquin, J.F. Lehrbuch der allgemeinen und medicinischen Chymie zum Gebrauche seiner Vorlesungen. C.F. Wappler, Wien 1798.
Jacquin, J.F., E. Fenzl & I. Schreibers. Eclogae plantarum rariorum aut minus cognitarum : quas ad vivum descripsit et iconibus coloratis illustravit. A. Strauss, Wien, 1811–1844.
Jacquin, J.F., E. Fenzl & I. Schreibers. Eclogae graminum rariorum aut minus cognitarum : quae ad vivum descripsit et iconibus coloratis illustravit. A. Strauss et Sommer, Wien, 1813–1844.
Jacquin, J. F. Ueber den Ginkgo, Carl Gerold, Wien, 1819.