Ayahnya adalah Vilhad Christian Zoëga, seorang pendetaProtestanMøgeltønder, dan ibunya bernama Henriette Clausen. Ketika masih kecil, Jørgen belajar di rumah dan setelah agak dewasa baru masuk sekolah gimnasium di Altona, Hamburg. Pada 1773, ia kuliah di Universitas Göttingen dan kemudian melanjutkan ke Universitas Leipzig guna belajar filsafat. Karena sering bepergian ke Italia, mempertebal minatnya pada bidang arkeologi, yang memang telah terbangun sejak awal.
Dia juga menulis beberapa risalah tentang arkeologi klasik, yang juga telah diterjemahkan ke dalam bahasa Jerman oleh Welcker, dengan judul Georg Zoegas Abhandlungen (Göttingen, 1817). Sebuah karya tentang topografi Roma masih berbentuk naskah yang belum sempat ia selesaikan sebelum ajal menjemputnya. Kakak lelakinya adalah seorang ahli botani, Johan Zoëga.
Øjvind Andreasen (ed.), Georg Zoëga - Briefe und Dokumente, vol. I, Det Danske Sprog- og Litteraturselskab, Copenhagen, 1967. ISBN87-7876-426-2.
Øjvind Andreasen og Karen Ascani (eds.), Georg Zoëga - Briefe und Dokumente, vol. II-V, Det Danske Sprog- og Litteraturselskab, 2013. ISBN978-87-7533-023-2.