Beinum dilahirkan dalam sebuah keluarga musisi.[2] Ayahnya adalah seorang pemain bass ganda di orkestra lokal.[2] Ketika muda ia telah belajar bermain piano dan biola.[2] Pada umur 16 tahun, ia telah mahir dan telah memainkan instrumen tersebut di Orkestra Arnhem.[2] Di samping itu, ia juga belajar dasar-dasar musik dari kakaknya, seorang pemain biola dan pemimpin paduan suara.[2] Beinum memasuki Sekolah Musik Amsterdam pada umur 17 tahun, setelah setahun sebelumnya ia bermain di bagian alat musik gesek di Arnhem Philharmonic Orchestra.[1] Edward menjadi seorang pianis mahir, sehingga membuat gurunya terkesan dengan penampilannya ketika ia memainkan L.V. Beethoven Concerto Piano untuk pertama kali di Sekolah Musik Amsterdam.[2] Eduard van Beinum memulai karier dirigennya dengan memimpin beberapa paduan suara amatir dan beberapa orkestra.[2] Kemudian ia diangkat menjadi dirijen oleh Perkumpulan Orkestra Haarlem, di mana ia tinggal selama empat tahun.[2]