Wilayah Ebensee dari tahun 1180 merupakan bagian dari Kadipaten Steiermark yang dikuasai oleh Wangsa Babenberg dari tahun 1192, tetapi pada tahun 1254 Raja Ottokar II dari Bohemia memasukkan wilayah Ebensee ke dalam wilayah Austria. Kota Ebensee sendiri baru disebutkan untuk pertama kalinya di dalam sebuah dokumen dari tahun 1447.[butuh rujukan]
Dari tahun 1596, Kaisar Rudolf II dari Habsburg memerintahkan pembangunan tambak garam di dekat permukiman ini yang dipasok dengan air garam lewat pipa sepanjang 40 km dari tambang garam di sekitar Hallstatt. Maka dari itu, Ebensee merupakan pusat produksi garam di Austria.[butuh rujukan]
Ebensee juga memiliki sejarah kelam, karena pada tahun 1943 SS mendirikan kamp konsentrasi Ebensee di dekat kota ini. Kamp konsentrasi ini merupakan bagian dari kamp konsentrasi Mauthausen-Gusen. Pekerja paksa dikirim ke tempat ini untuk menggali terowongan untuk menyimpan persenjataan. Kamp ini dibebaskan oleh tentara Amerika pada Mei 1945.[butuh rujukan]
