Setelah kehancuran perpustakaan munisipal dan arsip kota oleh artileri Prusia pada waktu Pengepungan kota Strasbourg, Kekaisaran Jerman mendirikan BNU pada tanggal 19 Juni 1872. Tugas pengaturan koleksi diberikan kepada sejarawan profesor Rodolphe Reuss.
Kemudian menjadi perpustakaan regional untuk ReichslandAlsace-Lorraine, sebagaimana tradisi Jerman bahwa setiap region harus mempunyai paling sedikit satu perpustakaan. Selain itu juga berfungsi sebagai perpustakaan akademik.
Koleksinya bertumbuh cepat berkat sumbangan dari seluruh Eropa dan Amerika Serikat. Namun, meskipun dengan adanya sumbangan-sumbangan ini, banyak naskah-naskah kuno, misalnya Hortus Deliciarum telah hancur dan tidak tergantikan.[1]
Setelah teritori Alsace-Lorraine dikembalikan ke Prancis pada akhir Perang Dunia I, muncul pertanyaan apakah perpustakana ini harus direnovasi dan dibuka kembali. Meskipun ada kebimbangan, pemerintah Prancis memutuskan untuk mempertahankan perpustakaan tersebut.
Perpustakaan ini sekarang memuat sekitar 3.000.000 volume, yaitu koleksi terbesar kedua di Prancis.[2] Di antara koleksinya terdapat kurang lebih 2.300 incunabula,[3] 6.700 manuskrip (ditambah 29.000 lainnya dari arsip – yang disimpan oleh perpustakaan ini – dari keluarga De Turckheim, dan beberapa ribu lainnya dari ordo Alsatian Fransiskan)[4] serta 5.200 naskah papirus.[5]